Разграничивающие критерии в данном случае таковы: месторасположение и посетители.
Если столовая находится на территории фирмы и кормит только ее работников, это не обслуживающее производство. Расходы на ее содержание (амортизацию, ремонт, освещение, отопление, водоснабжение, электроснабжение, топливо для приготовления пищи) вы можете списывать как прочие по подп. 48 п. 1 ст. 284 НК РФ. А вот если есть и сторонние посетители, тогда ОПХ. Значит, нужен отдельный учет согласно ст. 275.1 НК РФ.
Об этом напомнил Минфин в письме от 17.10.2018 № 03-03-06/1/74674.
Как вести такой учет, см. в нашей статье «Обслуживающие производства и хозяйства. Налог на прибыль».
В организации планируется открытие столовой только для своих сотрудников, в труд.дог-ре ничего не будет прописано о питании, подскажите какой будет учет в 1С с самого первого этапа? От поступления от поставщиков, калькуляции, и удержание из зп. И какие будут проводки?
Учет в общепите лучше изучить отдельно, это слишком объемная тема. Например здесь
Там есть и проводки.
Удержание оформляете через создание вида начисления - Удержание - в настройкаах программы и шаблона для ввода данных по сумме удержания. Реализацию проводите через Кт 73 счета, а затем удержание.