Ну я так понимаю, продавец не захотел подписываться за лишние позиции, ведь недостачу Вы повесили бы на него, так? В принципе нормальное решение. Просто нужно было с Вашей стороны сформировать акт (претензию) о том, что не все позиции пришли или пришли, но не в полной комплектации, и подписать документ с Вашим поставщиком.
Продавец, принявший товар, сделал вычерки и исправления в УПД чернильной ручкой, что делать?