Наверное, можете. В п. 8 ст. 6 Закона 422-ФЗ говорится о том, что под НПД не попадают доходы от оказания физлицами услуг по ГПД при условии, что заказчиками услуг выступают БЫВШИЕ работодатели. В Вашем случае работодатель - ИП, заказчик услуг - ООО. Конечно, они зависимые, но про зависимость в Законе 422-ФЗ ни слова не говорится. А там уж дальше - как Ваши налоговики посмотрят...
Являюсь штатным бухгалтером у ИП Иванова к примеру. Могу ли обслуживать на самозанятости ООО, где...