Не видя программу и введенных данных я точно не отвечу на Ваш вопрос. Наверное, Вам лучше связаться с Вашей техподдержкой. Можете попробовать перейти на наш форум, там есть возможно сть прикрепить к вопросу скрин, может с него что-то будет понятнее...
Почему в 6НДФЛ за год в разделе 2 приложения 1 выгрузился только один сотрудник, а всех их работало...