Здесь нужно понимать: у Вас обособленное подразделение создано или что? И о каком отчете Вы говорите? В общих случаях организации должны отчитываться по месту учета, т.е. грубо - по юридическому адресу, но допускаю, что возможны нюансы, связанные с образованием обособленных подразделений.
А если у организации юридический адрес в одном городе, а фактический в другом. В какой город...