Отправила в налоговую нулевой отчёт , не приняли.Код ошибки 0400400007.В чём причина?

Издалека, конечно, не смогу сказать в чем конкретно причина. Но насколько я понимаю, причинами ошибки с таким кодом могут быть:
1) устаревшее программное обеспечение;
2) некорректная выгрузка отчета из одной программы в другую;
3) неверное указание ИНН или КПП (особенно при наличии обособленных подразделений).
Проверяйте, в чем может быть дело.