Если б это была организация, то эти магазины (или один из них) можно было бы считать обособленными подразделениями, что помешало бы применять АУСН. Но поскольку у предпринимателя обособленных подразделений быть не может, то я думаю, он вполне может перейти на АУСН с двумя своими магазинами.
Если у ИП два магазина в разных городах одной области,может он перейти на АУСН