Если вы платите НДС и выставляете счет-фактуру по необлагаемой согласно ст. 149 НК РФ операции, «входной» налог по товарам, работам, услугам, приобретенным для ее выполнения, можете смело брать к вычету. Минфин не против (письмо от 14.05.2018 № 03-07-11/32094). Не забудьте подать уточненку по прибыли, если ранее включили этот налог в расходы.
Каков размер безопасного вычета по НДС во 2-м квартале 2018 года, см. здесь.