Можете взять к вычету налог со всей уплаченной поставщику суммы. Главное, чтобы были «авансовый» счет-фактура, платежки на эту сумму, а также условие о предоплате в договоре. В остальном Минфин не видит нарушений (письмо от 12.02.2018 № 03-07-11/8323).
Подробнее про вычет НДС с выданных авансов читайте здесь.