Пропорцию для раздельного учета «входного» НДС нужно считать исходя из доли стоимости отгруженных ТРУ, облагаемых НДС, в общем объеме отгрузки за налоговый период. Полученные штрафы, пени, неустойки брать в расчет не нужно. Так сказал Минфин (письмо от 06.09.2018 № 03-07-11/63806).
Подробнее о том, как ведется раздельный учет по НДС (принципы и методика), читайте в этой статье.