Ни уплачивать НДС, ни подавать заявление о ввозе возвращенных покупателем из ЕАЭС бракованных товаров не нужно. На сумму брака вы скорректируете налоговую базу того периода, в котором согласовали возврат (письмо Минфина от 28.06.2017 № 03-07-13/1/40899).
Подробнее об экспорте в страны ЕАЭС читайте здесь.