Если до конца года работник вернется к работе, возобновите предоставление вычетов в том месяце, когда он снова получит доход. Вычеты нужно предоставить и за те месяцы, когда выплат не было. Если отпуск «без сохранения» продлится до конца года, вычеты больше не предоставляйте. Об этом сказано в письмах Минфина от 15.02.2018 № 03-04-05/9654, от 04.09.2017 № 03-04-06/56583.
Подробнее о вычетах на детей читайте здесь.