Если зарплату за прошедший месяц вы выплачиваете частями, например, часть 3-го числа, а часть 7-го, НДФЛ удерживайте при каждой выплате – с той суммы, которая фактически выдана / перечислена работникам. Платить налог в бюджет тоже нужно по частям. В данном примере сроки уплаты – это 4-е и 8-е число соответственно.
Об этом – письмо Минфина от 25.07.2016 № 03-04-06/43479.
Кстати, в 6-НДФЛ такая частичная выплата будет отражаться отдельными строками по каждому сроку уплаты. Подробнее об этом см. «Как указать срок перечисления в 6-НДФЛ» и другие материалы рубрики «Расчет 6-НДФЛ».