Если физическое лицо продает недвижимое имущество, которое использовалось им в предпринимательской деятельности, то воспользоваться имущественным вычетом нельзя.
Также не получится уменьшить сумму доходов, полученных от продажи недвижимого имущества, на сумму фактически произведенных и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением этого имущества.
Об этом напоминает Минфин в Письме от 15.02.2017 № 03-04-05/8583.