Если начисленный к уплате НДС не предъявлялся покупателю, его можно учесть при расчете налога на прибыль в составе прочих расходов по подп. 1 п. 1 ст. 264 НК РФ. Запрет на учет НДС в расходах, предусмотренный п. 19 ст. 270 НК РФ, в данном случае не работает. Это подтвердил Минфин в письме от 20.01.2017 № 03-03-06/1/3257.
Одна из таких ситуаций рассмотрена здесь.