В статье, под которой Вы оставили свой вопрос, по каждому налогу разобрно, куда его платить и куда сдавать декларацию. Мне кажется, там более чем понятно расписано. Если что-то непонятно, есть ссылки, по которым Вы можете пройти и найти недостающие ответы.
Если головное подразделение в другом городе, какие отчеты нужно сдавать в местную налоговую в...