Вообще в уведомлении указывается сумма, подлежащая уплате в бюджет по расчёту за 3 квартал. Но тут надо понимать, по какой причине вы платили больше. Если вы подали неправильные уведомления за те два квартала, то в принципе можете сдать корректирующие. О том, как это сделать, мы рассказывали в этой статье. И еще - не забываем, что расчёт авансов и налога по УСН ведётся нарастающим итогом с начала года.
В Уведомлении на УСН за 3 кв. какую сумму указывать. если авансовые платежи за 1 и 2 кв платили...