Если вы переходите на общий режим и следовательно становитесь плательщиком ндс, то да - ндс к уплате бюджет, вы будете считать по следующей формуле: ндс к уплате в бюджет = начисленный ндс с реализации - входящий ндс от поставщиков. Правда, есть нюанс с ндс с авансов полученных и выданных, но об этом отдельный разговор.
Если организация превысила лимит упрощенного оборота и перешла на ндс , ндсом поставщиков...