Можно ли принять только копию чека? сотрудник потерял сам товарный чек.

Категорически не согласен. Сейчас практически все чеки являются копиями, которые приходят по электронной почте и лего проверяются посредством QR-кода с помощью программы ФНС РФ "Проверка чеков". Налоговые органы без проблем принимают распечатанные чеки в качестве подтверждения расходов, в том числе распечатанные из программы "Проверка чеков".
Для того чтобы отказать в принятии чека в качестве обоснованных расходов, налоговой потребуется доказать его недействительность, а если чек проходит проверку в налоговой, то как она это сделает.