Здравствуйте! Очень интересный вопрос. Столкнулся по схожей проблеме с товарищем.
Если читать буквально, то штраф по 122 НК РФ накладывается на сумму не уплаченного налога 20% (про пени вообще нет речи). Фактически вы (и мы также) уплатили, т.е. штраф должен быть 0*20%. Но ИФНС считает уже с доплаченного налога. Чисто по-человечески инспектора признают корявость пунктов НК РФ, но все-равно работают по скрипту.
Инспектора работают по кодексу а не по скрипту! В кодексе прямо указано - надо заплатить налог и пени! На срок уплаты в бюджете не было уплаты, а срок уплаты явно был намного раньше! соответственно если вы платите до подачи уточненки, но не платите пени - вы не выполняете условия освобождения от ответственности! Весь вопрос в том, есть ли по сроку уплаты деньги в бюджете или нет. А если есть на срок уплаты - соответственно нет пени, и не будет штрафа. Если частичная уплата есть на срок уплаты, оштрафуют на разницу частичной уплаты в бюджете на срок уплаты и суммой по уточненке. Пленум 57 от 2013 года в помощь
Если читать буквально, то штраф по 122 НК РФ накладывается на сумму не уплаченного налога 20% (про пени вообще нет речи). Фактически вы (и мы также) уплатили, т.е. штраф должен быть 0*20%. Но ИФНС считает уже с доплаченного налога. Чисто по-человечески инспектора признают корявость пунктов НК РФ, но все-равно работают по скрипту.
Опишите, как и что у вас далее происходит?