Оформляйте корректировочный счет-фактуру на уменьшение поставки. Подробнее об этом документе читайте в статье Здесь же приведен образец оформленного документа. А о том, как отразить корректировочный счет-фактуру в декларации по НДС, у нас есть такой материал
Как оформить возврат некачественного товара проданного в предыдущем отчетном периоде по которому...