Если зп была выдана 24.06, срок уплаты НДФЛ 27.06 а заплатили НДФЛ 01.07. Вопрос: входит ли эта...

Ну вообще должна входить. Вы же по факту из зарплаты НДФЛ удержали, просто не перечислили его в бюджет. А это как я понимаю грозит Вам начислением как минимум пеней. Кстати заплатить Вам их лучше самим и заранее, чтобы не последовало штрафных санкций за несвоевременное перечисление налога в бюджет по п. 1 ст. 123 НК РФ. Подробности читайте в этой статье