То есть Вам оплатили пени, а Вы при принятии денег в кассу пробили чек с НДС, я правильно Вас поняла?
Если так, то в этом случае необходимо:
1) Сформировать чек коррекции «Возврат прихода», идентичный ошибочному.
2) Пробить верный чек коррекции на «Приход».
Что касается обложения или необложения сумм неустоек, штрафных санкций и прочих мер ответственности налогом на добавленную стоимость, то по этому вопросу Вы можете почитать статью
Если так, то в этом случае необходимо:
1) Сформировать чек коррекции «Возврат прихода», идентичный ошибочному.
2) Пробить верный чек коррекции на «Приход».
Что касается обложения или необложения сумм неустоек, штрафных санкций и прочих мер ответственности налогом на добавленную стоимость, то по этому вопросу Вы можете почитать статью