Индивидуальный предприниматель имеет в штате должность бухгалтера .Может этот это бухгалтер...

В целом может, но это должно быть обязательно оформлено. Насколько я поняла, индивидуальный предприниматель может передать право подписи первички только по нотариальной доверенности. Данное мнение основано на п. 3 ст. 29 НК РФ. Возможно есть и другие мнения на этот счет. Можете узнать их на нашем форуме
Что касается счетов-фактур, то там вроде как нотариальной доверенности не требуется, достаточно лишь приказа по организации (ИП), поскольку это документ налогового учета и к нему предъявляются несколько другие требования.