Предприниматель на патенте оказывала услуги ООО. За услуги эта ООО отдает квартиру. Предприниматель...

НК РФ никак не регулирует порядок расчетов за оказанные услуги на патентной системе. Вместе с тем, согласно ст.346.53 НК РФ:
Дата получения дохода определяется как день передачи дохода в натуральной форме - при получении дохода в натуральной форме.
Доходы, полученные в натуральной форме, учитываются по рыночным ценам, определяемым с учетом положений статьи 105.3 настоящего Кодекса.

Если стоимость квартиры не превышает лимит для применения патентной системы НО, не вижу причин не принять ее.
Не совсем понятно о каком налоге речь, ведь патент платится с предполагаемого, а не фактического дохода.
Если вы будете продавать квартиру, то учесть ее по патенту не получится, так как реализация недвижимости не предусмотрена как вид деятельности для патента.