То, что Вы написали "филиал (юридическое лицо)" изначально противоречит п. 3 ст. 55 ГК РФ, где определено, что "Представительства и филиалы не являются юридическими лицами". При этом филиалы не являются самостоятельными налогоплательщиками (ст. 11, 19 НК РФ). Наличие филиалов препятствует применению упрощенной системы налогообложения согласно подп. 1 п. 3 ст. 346.12 НК РФ. Следовательно Ваше юридическое лицо не может применять УСН, оно должно использовать общий режим, и такой же режим должен применять и филиал.
Может ли филиал (юридическое лицо) перейти на УСНО, если головное предприятие применяет ОСНО