При расхождениях по количеству товаров и других тмц от поставщиков оформляются акты. Это могут быть унифицированные формы торг-2, торг-3, подробнее о них читайте здесь, а могут быть и разработанные под себя формы. Если расхождения выявляются внутри организации, по структурным подразделениям и пр. также составляете подобный акт.
Каким документом оформить расхождения?