Запись в КУДИР Вы уже сделали, когда получили аванс от покупателя. Если поступлений больше нет, то что еще Вы хотите занести в КУДИР? Туда могли бы попасть записи по расходам, если бы Вы применяли объект "Доходы минус расходы". А сейчас Вы должны правильно сформировать записи в книге покупок и книге продаж.
ООО на УСН доходы, НДС 5%, зачет аванса покупателя в счет новой отгрузки. Записи в КУДиР? Аванс...