Подскажите пожалуйста, у меня ООО на УСН 6%. Выручка (по документам) 40 млн. руб в год, а доход...

Лимит в целях освобождения от НДС рассчитывается по тем же правилам, по которым Вы считаете доходы для расчета единого налога, т.е. по правилам УСН - по оплате. Подробнее об этом читайте здесь . Но возможно у налоговиков возникнут вопросы, почему у Вас выручка от реализации по данным бухгалтерского учета настолько ниже величины доходов, рассчитываемой для целей налогового учета. Если Вы отгружаете в долг и у Вас такая огромная дебиторская задолженность, тогда все понятно, но естественно в договорах или где-то должно быть прописано условие об отсрочке платеже для покупателей.