Я ИП выполняю услуги по перевозке грузов . Сейчас налогообложение - ПСН, где то с сентября я теряю...

Во-первых, я надеюсь, что патент у вас открыт до августа. Потому что если он у Вас открыт на полный год, а Вы потеряете право на него в сентябре, то все доходы попадут под обложение УСН с начала года. Имейте это в виду. Подробнее об этом читайте здесь
Во-вторых, касаемо входящего ндс, то здесь я не могу сказать, отсутствует он у Вас или нет. Посмотрите входящие документы. ГСМ обычно включает ндс при условии заключения договора. Далее идут расходы на запчасти, на ремонт машин - как оплачиваются с ндс или без ндс. Но по опыту транспортникам выгоднее использовать 5%-ный ндс. Во всяком случае, большинство знакомых транспортников-ИП, которые в прошлых годах оформляли патент и не уложились в лимит по доходам, в этом году перешли на УСН с ндс 5%.