Заменить ошибочную первичку нельзя, нужно исправлять. На это указывала ФНС в письме от 12.01.2018 № СД-4-3/264. Порядок внесения исправлений в документы предусмотрен законом «О бухучете» от 06.12.2011 № 402-ФЗ, а замена принятого к учету дефектного документа правильным — нет. Внесение исправлений путем замены разрешено только для счетов-фактур. Аналогичные разъяснения давал и Минфин (письмо от 23.10.2017 № 03-03-10/69280).
Впоследствии ФНС поменяла позицию, разрешив замену, но только при определенных условиях. Что за условия, узнайте здесь.
В каких случаях используется исправленный счет-фактура, читайте здесь.