Можно ли взять к вычету НДС с работ по восстановлению имущества, если их стоимость компенсирует страховая?

Да, можно. Если все условия для вычета НДС соблюдаются, возмещение восстановительных работ страховой компанией не будет ему препятствием. Это подтвердил Минфин (письмо от 25.08.2017 № 03-07-11/54642).

Каковы условия вычета НДС, читайте в этой статье.