Перечислять НДС по 1/3 в течение квартала вправе только плательщики налога. Если вы предъявили его покупателю, будучи неплательщиком (например, при освобождении по ст. 145 НК РФ), уплатить в бюджет нужно сразу всю сумму – до 25-го числа месяца, следующего за истекшим кварталом.

И не забудьте, что в тот же срок вы должны подать НДС-декларацию. В ней заполните титульный лист, разделы 1 и 12.

Об этом – письмо ФНС от 15.09.2016 № ЕД-4-15/17338.

Больше об уплате НДС неплательщиками узнайте из этой статьи.