По товарам, которые ваш комиссионер продал в розницу физлицам за наличный расчет, счета-фактуры не выставляйте. В книге продаж регистрируйте первичку или сводные документы по продажам за месяц (квартал). Например, бухгалтерские справки (Письмо Минфина России от 17.03.2015 № 03-07-09/14183).

Подробнее о счетах-фактурах при посреднических операциях см. наш материал «Как оформлять счета-фактуры при продаже товаров через посредника?».