Минфин считает, что это возможно (письмо от 19.12.2017 № 03-05-06-04/84814).
Как поясняет ведомство, срок, в течение которого налоговики могут самостоятельно производить зачет излишне уплаченных сумм в счет погашения недоимки и задолженности по пеням и штрафам, НК РФ не ограничен. Поэтому зачет переплаты по налогу в счет погашения задолженности по пеням, к примеру 6-летней давности, допустим.
См. также: «Заявление на возврат платежей: рекомендации по составлению и подаче».