В 2024 году УСН освобождает организацию от уплаты НДС. Соответственно, НДС с полученного до 01.01.2025 аванса не уплачивается.
С 2025 года плательщики УСН, которые не подходят под освобождение, начинают платить НДС. Значит, при отгрузке предоплаченых в прошлом году товаров, оказании услуг, выполнении работ нужно начислить налог по пониженной или обычной ставке, смотря какую вы выбрали.
По какой ставке выгоднее платить НДС на УСН, рассказываем здесь.
И здесь возникает проблема: начислить НДС сверху или выделить его из уже оплаченной покупателем стоимости. Решать её нужно совместно с покупателем.
Если он согласится на то, чтобы вы допредъявили ему НДС, заключайте допсоглашение об увеличении цены, добавляйте налог к авансу и получайте доплату.
Образец дополнительного соглашения к договору об оказании услуг об изменении стоимости услуг вы можете скачать в «КонсультантПлюс». Пробный доступ к системе бесплатный: 
Больше рекомендаций по пересмотру договоров с контрагентами — в нашей статье.
Если покупатель согласия не даст, при реализации (отгрузке) ТРУ в 2025 году необходимо исходить из того, что цена договора включает в себя НДС.
Сумму налога можно определить, применив расчетную ставку 5/105 или 7/107 (при применении специальной ставки НДС), либо 20/120, 10/110 (при применении общих ставок). Извлеченный таким способом из цены налог уменьшит сумму доходов, учитываемых по этой операции для целей УСН.
Поступать так рекомендует ФНС (п. 16 Методических рекомендаций по НДС для УСН).
Подробнее про методичку по НДС для лиц на УСН с 2025 года читайте здесь, а также скачивайте у нас саму методичку.
Пример
Налогоплательщик УСН получил в 3 квартале 2024 г. аванс 100 рублей без НДС в счет будущей поставки товаров. Цена товара по договору 100 рублей. Отгрузка товаров состоялась 1 апреля 2025 года, т. е. во втором квартале 2025 года. Цена товара по договору не изменялась. Налогоплательщик УСН, который обязан исчислять и уплачивать НДС в бюджет, с 01.01.2025 применяет ставку НДС 5%.
Сумма НДС может быть определена налогоплательщиком УСН за 2 квартал 2025 года следующим образом: (100 x 5/105) = 4,76 рубля. Полученная сумма налога подлежит отражению в декларации по НДС и уплате в бюджет.
См. также нашу статью «Как считать НДС: правильно вычисляем 20% от суммы (пример, алгоритм)».
1. 2024 г. ИП УСН 6% (услуги), добровольно перешли на ОСНО 01.01.2025 г. Получили полную оплату по договору в 2024 г., оказали часть услуг и закрыли промежуточным актом в 2024 г., в 2025 г. закрываем оставшуюся часть работ. УПД с НДС 20% выставляем только на не закрытую часть работ?
2. Пришли к соглашению с контрагентом что НДС будет внутри этой суммы, но в договоре прописано "НДС не облагается в связи с применением Подрядчиком упрощенной системы налогообложения". Необходимо составить доп соглашение к договору?
2. Считаю, что нужно составить. На словах можно о чем угодно договориться, но документальное подтверждение всегда лучше любых слов - мало ли какие разногласия возникнут в будущем.
А 6 процентов насчитываем в 2024 году за аванс? Или в 2025?
Ведь тогда с доходов без ндс надо будет считать 6 процентов?
Во-первых, я очень сильно сомневаюсь в возможности получить вычет при отгрузке по НДС, исчисленного ранее с аванса к уплате в бюджет. Когда Вы его начисляли, Вы ещё не были плательщиком НДС. То есть НДС Вы начислите дважды и ни разу не примете к вычету, по входящим документам Вы также не можете завить вычеты, т.к хотите работать со ставкой 20%.
Во-вторых, у меня очень большие сомнения в возможности одновременного применения ставки 20% и 5%. В общем, считаю, Вам нужны разъяснения контролирующих органов, поскольку по данной ситуации практики еще не наработано.
Может я не уловила какие-то нюансы, что именно Вас смущает в этой предоплате?