В 2024 году УСН освобождает организацию от уплаты НДС. Соответственно, авансовый НДС не уплачивается.
С 2025 года плательщики УСН, которые не подходят под освобождение, начинают платить НДС. Значит, при отгрузке предоплаченых в прошлом году товаров, оказании услуг, выполнении работ нужно начислить налог по пониженной или обычной ставке, смотря какую вы выбрали.
По какой ставке выгоднее платить НДС на УСН, рассказываем здесь.
И здесь возникает проблема: начислить НДС сверху или выделить его из уже оплаченной покупателем стоимости. Решать её нужно совместно с покупателем.
Если он согласится на то, чтобы вы допредъявили ему НДС, заключайте допсоглашение об увеличении цены, добавляйте налог к авансу и получайте доплату.
Образец дополнительного соглашения к договору об оказании услуг об изменении стоимости услуг вы можете скачать в «КонсультантПлюс». Пробный доступ к системе бесплатный: 
Если нет, у вас два варианта:
- извлечь НДС из уже согласованной цены с применением расчетной ставки, например, 5/105, если вы платите налог по ставке 5%;
- доначислить налог сверху и уплатить за свой счет.
В первом случае сумма НДС к уплате будет меньше. Но, по мнению экспертов «КонсультантПлюс», этот подход имеет определенные риски со стороны ФНС. В чем они заключаются, узнайте в готовом решении. Пробный доступ бесплатный.
См. также нашу статью «Как считать НДС: правильно вычисляем 20% от суммы (пример, алгоритм)».