Оснований для этого нет.
Никаких выплат работнику в данном случае вы не производите. Экономической выгоды он не получает. Поэтому при отказе от взыскания с работника ущерба от возникшей по его вине недостачи платить НДФЛ и взносы со списанных сумм не нужно.
Это подтвердил Минфин (письмо от 20.10.2017 № 03-04-06/68917).
Подробнее о материальной ответственности работника читайте в этой статье.