Если вам оказаны услуги, которые согласно ст. 164 НК РФ подлежат обложению НДС по ставке 0%, а в счете-фактуре продавец указал НДС 18%, налог лучше не принимать к вычету. Например, такая ситуация возможна при приобретении услуг, связанных с международной перевозкой товаров, реализованных на экспорт.
Применение нулевой ставки НДС для этих услуг прямо предусмотрено пп. 2.1 п. 1 ст. 164 НК РФ. Налоговый кодекс РФ не дает плательщикам права произвольно изменять ставку налога, предусмотренную налоговым законодательством (Постановление Президиума ВАС РФ от 25.02.2009 № 13893/08). Следовательно, НДС по ставке 18% считается предъявленным неправомерно и вычету не подлежит.
Об этом свидетельствует многочисленная арбитражная практика (см., например, постановление ФАС Северо-Западного округа от 24.07.2014 № А05-9711/2013). Также считают и чиновники (Письма Минфина России от 25.04.2011 N 03-07-08/124, от 25.07.2008 N 03-07-08/187, Письмо ФНС России от 13.01.2006 N ММ-6-03/18@).