Да, можно. Если все условия для вычета НДС соблюдаются, возмещение восстановительных работ страховой компанией не будет ему препятствием. Это подтвердил Минфин (письмо от 25.08.2017 № 03-07-11/54642).
Каковы условия вычета НДС, читайте в этой статье.