Вычет НДС, уплаченного в качестве налогового агента, заявляйте в том периоде, когда начали выполняться необходимые для этого условия. Применить его в последующих периодах нельзя, поскольку п. 1.1 ст. 172 НК РФ, позволяющий заявить вычет в любом периоде в пределах 3 лет после принятия ТРУ на учет, на «агентский» НДС не распространяется (см. письмо Минфина от 17.11.2016 № 03-07-08/67622).
О других «неотложных» вычетах читайте: