Предоплату в счет экспорта товаров в государства – члены ЕАЭС в базу по НДС не включайте. Основание – п. 1 ст. 154 НК РФ. Это подтверждает Минфин России в Письме от 30.04.2015 № 03-07-13/1/25440.
См. также «Какой порядок возврата (возмещения) НДС при экспорте в Казахстан?».