С денег, полученных в счет возмещения ущерба имуществу, уплачивать НДС не нужно. Эти суммы не связаны с реализацией, поэтому в базу по налогу не включаются. На это указывал Минфин в письмах от 22.02.2018 № 03-07-11/11149, от 27.10.2017 № 03-07-11/70530).
Аналогичные правила применяются при возмещении убытков в виде упущенной выгоды. Их также не нужно облагать НДС (см. постановление ФАС Московского округа от 04.07.2013 № А40-123538/12-140-783 (оставлено в силе Определением ВАС РФ от 12.09.2013 № ВАС-12148/13)).
См. также: «Облагаются ли НДС суммы штрафов и неустоек по договорам?».
06.07 в результате перевозки был испорчен перевозимый груз, проведена экспертиза по оценка - ущерб составил 1300000 руб.
Как правильно произвести взаиморасчет с учетом НДС? (1500000-13000000 или 1500000-НДС -1300000)? На какие законы и статьи сослаться
Ущерб возмещают в полной сумме, оплата была проведена в размере 1 500 000 руб. С НДС сумма оплаты никак не связана. Таким образом, ущерб уменьшает полную сумму платежа. С уплатой налога грузоперевозчик пусть разбирается сам. Возмещение ущерба не облагается НДС - Письма Минфина России от 27.10.2017 N 03-07-11/70530, от 29.07.2013 N 03-07-11/30128. Вы приходуете услуги в полном объеме с учетом фактичсеки оплаченного НДС (по начислению). Движение денег к этому не имеет отношения.
Поясню проще, в данном случае вместо денег вы отдали испорченный товар (сумму ущерба).
Посмотрите еще Письмо ФНС России от 17.06.2015 N ГД-4-3/10451@ в поддержку этой позиции. Также процитирую ст. 167 НК РФ:
"1. В целях настоящей главы моментом определения налоговой базы, если иное не предусмотрено пунктами 3, 7 - 11, 13 - 15 настоящей статьи, является наиболее ранняя из следующих дат:
1) день отгрузки (передачи) товаров (работ, услуг), имущественных прав;"
Ни с оплатой от Вас, ни с взаимозачетом этот момент не связан. Поставщик услуг обязан заплатить налог, а занчит, Вы можете принять его к вычету.