В 2016 году ставка налога на прибыль составляла 20%:
- 2% налога зачислялось в федеральный бюджет;
- 18% — в бюджет субъекта РФ.
С 2017 года налог на прибыль между федеральным и региональными бюджетами распределяется исходя из соотношения 3% + 17%. При этом налог по итогам 2016 года нужно было перечислять еще по-старому (2% + 18%).
Если вы тогда ошиблись и заплатили по новым ставкам, штрафа за неуплату (ст. 122 НК РФ) быть не должно. На это указывал Минфин (письмо от 20.07.2017 № 03-02-07/1/46270). Но если были начислены пени, то все справедливо: вы же переплатили в федеральный бюджет и не доплатили в бюджет субъекта.
Подробнее о распределении налоговой ставки по налогу на прибыль читайте здесь.