Да, конечно. По авансу ндс определяется отдельно, по отгрузке отдельно. Если вы начисли ндс с полученного аванса, то после осуществления отгрузки Вы вправе взять этот авансовый ндс к вычету. И затем начисляете ндс с отгрузки. Начисление ндс происходит на основании счета-фактуры, в одном случае - авансового, в другом - отгрузочного.
Выставила счет-фактура на аванс, при оказании услуг необходимо выставлять счет-фактуру(УПД)?