Наша организация поставщик услуг на УСН. В конце месяца мы выставляем счет и Акт выполненных работ...

Акт выполненных работ - это первичный документ бухгалтерского учёта, который означает, что работы сданы и приняты сторонами. Счёт фактура - это первичный документ налогового учёта, который означает, что поставщик начислил ндс к уплате бюджет, и на основании которого покупатель вправе принять налог к вычету. Таким образом Вы должны выставить и акт, и счёт фактуру. Можете воспользоваться документом УПД. В нём Вам нужно проставлять статус 1, подробнее об этом читайте здесь.