Если человек не годен к службе, то по нему сведению в военкомат,получается, не подаются?

Я сам имею категорию В, но формально военнообязанный и по мне ведут учет. Если это категория Д ( но я не знаю какая должна быть болезнь для этого), то его снимают с воинского учета и тогда да вести на него учет не нужно. Посомтрите по этому поводу например п. 3 приложения 7 к "Методическим рекомендациям по ведению воинского учета в организациях"
(утв. Генштабом Вооруженных Сил РФ 11.07.2017).