Да должен, никаких ограничения на выплату заработной платы 2 раза в месяц в связи с отпуском или больничным в ТК РФ нет. Даже если исходить из того, что за первую половину месяца выплата производится пропорционально отработанному времени, у вас есть какие-то наработанные часы и за них нужно было заплатить. Можете припугнуть своего работодателя возможными последствиями в связи с проверкой ГИТ, вот как написано на форуме тут
Должен ли выплачиваться аванс в государственном учреждении, если я отработала с 1-го по...