А что за договор по командировочным расходам? Я просто о таком не слышала и сама с таким не сталкивалась. Если это какое-то допсоглашение к трудовому договору, то, наверное, сроки хранения должны совпадать с трудовым договором. Если это что-то иное, то уточните, что вы прописываете в таком договоре.
Подскажите, пожалуйста, какой срок имеет договор по командировочным расходам? За период пребывания...