6-НДФЛ мы сейчас заполняем только по выплате. Невыплаченную зарплату в отчёте не показываем. Поэтому для начала нужно понять, что у Вас отражено в 6-НДФЛ. По НДФЛ задолженности в данной ситуации быть не может. Она возникнет только после выплаты зарплаты в пользу физ лиц.
Подскажите, пожалуйста, ООО зарплату не выплатила, а с ЕНС задолженность по налогам с этой зарплаты...