Еще бы понять, что Вы имеете в виду под "начислить заработную плату,которая выплачена" и что именно Вы делаете вручную... Вы про 1С говорите? Если да, то там в принципе реализованы все решения по выплате и начислению зарплаты, включающей в себя как аванс, так и окончательный расчет.
Получается нужно начислить ту заработную плату,которая выплачена.Я делаю вручную